Stauräume unterbrechen den kontinuierlichen Abtransport von Geschiebe, Sedimenten und organischen Einträgen im Fluss. Dies wirft ein weiteres unlösbares Problem auf. Der überwiegende Teil, aller vom Fluss transportierten Stoffe, lagert sich im Stauraum ab und bewirkt über dadurch eine Verlandung des Stauraumes. Um wieder mehr Volumen im Stauraum zu schaffen, werden in Abständen die Grundablässe und/oder die Wehrklappen eines Wasserkraftwerkes geöffnet. Die Ablagerungen aus den Stauräumen werden damit einfach in das Unterwasser des Kraftwerkes ausgespült.

Bei Stauraumspülungen werden in erster Linie nur die feinen Faulschlämme und Sande mobilisiert und ausgespült, da diese Fraktionen sich im Bereich der Staumauer ansammeln. Das grobe Geschiebe hingegen lagert sich in der Stauwurzel des Wasserkraftwerkes ab. Der Abtransport dieser, für die Sohlstabilisierung und zur Schaffung natürlicher Strukturen (z.B. Laichplätze), wichtigen Geschiebefraktionen erfolgt nur in einem sehr geringen Ausmaß. Der Großteil der Schotter und Kiese bleibt in den Stauräumen liegen und fehlt im unterliegenden Flusslauf.

Während der Stauraumspülungen bewirken tausende Tonnen an Faulschlämmen im Unterwasser eine enorme Erhöhung der normalen Schwebstoffkonzentration bei gleichzeitiger Sauerstoffzehrung. Alle aquatischen Organismen werden dadurch massiv geschädigt, für viele ist diese Situation letal. Ausfall ganzer Jahrgänge an Jungfischen und Abdrift vieler Arten sehr weit flussab, geht einher mit dauerhaftem Verlust an Lebensraum. Massive Schlammablagerungen in Buchten und Kehrwassern bewirken eine Versiegelung des lebensnotwendigen Kieslückensystems, das sowohl für die Reproduktion verschiedener Lebensformen als auch für die Selbstreinigungskraft eines Flusses wichtig ist.

Die wirtschaftlichen und ökologischen Schäden sind groß und mit Geld nicht auszugleichen.